El monasterio tiene su origen en la década de 1140, en el contexto de la reconquista cristiana y durante el reinado de Alfonso VII, apodado el rey emperador. Fue este rey el principal promotor de la creación del monasterio, además de otorgar fueros y repoblaciones en las localidades de la zona. Sin embargo, las fuentes indican que la primera persona al mando de la organización sería el monje Rodulfo.

En 1158 ingresa en el monasterio como segundo hijo Martin de Finojosa. Su padre fue el Señor de Deza y dueño del terreno donde estaba construido el edificio. El que años más tarde se convertiría en San Martín de Finojosa, vivió en Cántabos como cortesano de Alfonso VII. Años más tarde después de trasladarse a Santa María de Huerta. Nos encontramos ante uno de los personajes de procedencia soriana.

Cántabos existe como monasterio hasta 1162 cuando se procede a su exclaustración y traslado a Santa María de Huerta. En ese momento pasa a ser propiedad del Concejo de Soria y de nuevo vendida a un privado. Así, pasaría a llamarse Granja de Cántabos y a funcionar como una granja, con molino continuadora del monasterio, sin perder su esencia de lugar de culto católico. La actividad se mantuvo hasta 1835, que es abandonada.